È stato mappato per la prima volta il genoma del rarissimo pesce dalle mani maculato australiano

Per la prima volta è stato sequenziato il genoma completo di una specie rarissima: il pesce dalle mani maculato (Brachionichthys hirsutus). Tutto grazie al lavoro del CSIRO, l’agenzia scientifica nazionale australiana, che ha posto l’attenzione su questo pesce marino endemico della Tasmania, considerato in grave pericolo di estinzione.

Come hanno ottenuto il genoma completo del Brachionichthys hirsutus

Questo importante risultato è stato ottenuto grazie al lavoro del CSIRO in collaborazione con il Biomolecular Resource Facility dell’Australian National University. A parlarne in un articolo è stato il dottor Gunjan Pandey, ricercatore senior del CSIRO, sottolineando come sia stato possibile lavorare in questa direzione.

“È risaputo che è difficile lavorare con specie marine come il pesce dalle mani maculato – ha affermato -. Il DNA si degrada rapidamente e viene contaminato da microrganismi. Questo rende l’assemblaggio di un genoma puro estremamente impegnativo”. Eppure, nonostante le oggettive difficoltà, il team è riuscito a sequenziare il genoma completo di questa rara specie a partire da una piccola quantità di DNA, ottenuta a sua volta quando un esemplare di pesce dalle mani maculato è morto per cause naturali in cattività.

Il processo di cui si sono serviti i ricercatori viene chiamato protocollo a basso input. “Siamo uno dei soli tre team al mondo che utilizzano questo protocollo – ha spiegato Pandey -. Abbiamo personalizzato l’intero processo, dall’allestimento del laboratorio al software bioinformatico, per sequenziare un genoma di alta qualità a partire da DNA di scarsa qualità. Ciò che prima richiedeva da sei a dodici mesi, ora possiamo realizzarlo in pochi giorni. Questa tecnologia è molto promettente per la nostra comprensione e conservazione delle specie in via di estinzione in Australia e nel mondo”.

Studiare il genoma ai fini della conservazione

Gli scienziati del CSIRO monitorano il pesce dalle mani maculato dal 1997, in particolare nove popolazioni localizzate nell’estuario del Derwent, con un “approccio multiforme alla conservazione” della specie che “comprende un programma di riproduzione in cattività e approcci innovativi al ripristino dell’habitat”.

Il numero di esemplari di Brachionichthys hirsutus, un tempo numerosissimi lungo la costa sud-orientale della Tasmania, è drasticamente diminuito tanto che dal 1996 è una specie considerata a rischio critico di estinzione. Attualmente si stima che vi siano meno di 2.000 esemplari. Un calo dovuto a diversi fattori, a cominciare dalle pratiche di pesca tradizionali, ma anche allo sviluppo costiero e al cambiamento climatico, con la conseguente comparsa di specie invasive.

Il genoma è uno strumento fondamentale per la conservazione della specie: “La sequenza del genoma contribuirà agli sforzi in corso per incrementare il numero della popolazione e monitorare la diversità genetica – ha detto Pandey -. Il genoma ci aiuta a capire come funziona un organismo. Fornisce le basi per comprendere l’espressione genica nella vita quotidiana e offre spunti sulla sua storia evolutiva. Grazie al genoma, possiamo contribuire al rilevamento delle specie, monitorare le popolazioni e persino stimare la durata della vita dei pesci”.

Parole che fanno eco a quelle della dottoressa Carlie Devine, ricercatrice specializzata nella conservazione e gestione del pesce dalle mani maculato: “Le misure di conservazione si stanno espandendo per includere la genetica, riconoscendo che un approccio multidisciplinare insieme alla ricerca ecologica è essenziale per una conservazione efficace delle specie minacciate“.